Demorou cinco anos para uma sequência de Homem-Aranha no Aranhaverso, mas a espera valeu a pena. Homem-Aranha: Através do Aranhaverso é tudo o que queremos de uma história do Homem-Aranha, pois o filme coloca o crescimento do personagem em seu núcleo, ao mesmo tempo em que oferece uma espetacular história de super-herói. No entanto, Através do Aranhaverso é a primeira parte de uma história que terminará com Spider-Man: Beyond the Spider-Verse, muitos fios soltos ficam pendurados quando os créditos rolam. Além disso, Através do Aranhaverso não tem medo de explorar dimensões e linhas do tempo alternativas, apresentando muitos personagens, todos com papéis críticos a desempenhar, então vamos explicar o final do filme.
Homem-Aranha no Aranhaverso mostra Miles Morales (Shameik Moore) ganhando superpoderes quando uma aranha radioativa o morde. Depois disso, Peter Parker morre na linha do tempo de Miles enquanto tenta salvar o menino de morrer na explosão de um colisor de partículas. Como resultado, Miles deve se tornar o Homem-Aranha e impedir Wilson Fisk, o Rei do Crime (Liev Schreiber), de quebrar a barreira entre os mundos. É uma aventura emocionante que apresenta muitos personagens de outras dimensões, incluindo Gwen Stacy (Hailee Steinfeld). Mas, como mostra Homem-Aranha: Através do Aranhaverso, o perigo não acabou depois que o Rei do Crime foi derrubado. Isso porque Miles inadvertidamente criou seu inimigo na explosão do colisor de partículas.
Enquanto estudava o multiverso para Fisk, um cientista chamado Dr. Jonathan Ohnn (Jason Schwartzman) transporta uma aranha radioativa para a linha do tempo de Miles. Então, de certa forma, o Dr. Jonathan criou o Homem-Aranha de Miles. Da mesma forma, ao explodir o colisor de partículas de Fisk, Miles transformou o corpo do Dr. Jonathan, em Spot, que decide que sua triste história de origem o transforma no inimigo do Homem-Aranha. Infelizmente, Miles está muito ocupado com sua vida para dar ao vilão a atenção que ele deseja. Como resultado, Spot cruza o Multiverso para aumentar seus poderes, tornando-se lentamente capaz de pular entre as dimensões. Ao fazer isso, Spot se torna um perigo para o Homem-Aranha, e é por isso que o vilão se torna uma ameaça para o Aranhaverso.
Depois que Gwen recebe a tarefa de vigiar Spot, Miles se envolve em uma jornada pelo Aranhaverso para parar o vilão. A cada passo do caminho, Miles é informado de que não pertence à Spider Society, ao contrário de todos os seus amigos. A razão é que Miles é a anomalia que desencadeou todos os vilões do Multiverso que a Spider Society agora está tentando impedir. A aranha da Terra-42 deveria morder o Peter Parker daquela dimensão. Em vez disso, foi transportado para a linha do tempo de Miles, transformando-o em um herói. Por causa disso, a Terra-42 não tem um Homem-Aranha, e o destino tentou corrigir a linha do tempo de Miles matando sua variante de Peter Parker. Além disso, as ações de Miles levaram à criação do Spot. Portanto, é seguro dizer que a Spider Society não gosta de Miles.
Para piorar a situação, o Multiverso trabalha para definir os momentos canônicos da vida de cada Homem-Aranha. Todas as versões do Homem-Aranha passam pelos mesmos eventos importantes, incluindo a perda de uma pessoa amada que os levará a se tornarem heróis. Outro evento importante na jornada de cada Homem-Aranha é quando um capitão da polícia sacrifica sua vida durante um grande confronto entre o herói e seu inimigo. No caso de Miles, o destino determina que seu pai Jefferson Davis (Brian Tyree Henry) morrerá ao salvar uma criança, enquanto o herói luta contra Spot. É um futuro que Miles quer impedir a qualquer custo, o que o coloca em desacordo com a Spider Society. Ao alterar eventos canônicos, Miles corre o risco de apagar toda uma linha do tempo.
Então, o líder da Spider Society, Miguel O'Hara, também conhecido como Spider-Man 2099 (Oscar Isaac), decide aprisionar Miles até que seu pai morra, preservando o Multiverso. Miles está cansado de pessoas contando a ele como sua história deve se desenrolar, então ele escapa das forças da Spider Society e usa um dos teletransportadores para retornar à sua realidade. Há apenas um problema: a máquina escaneia o DNA do alvo para enviá-lo para a linha do tempo certa. Mas como Miles foi mordido por uma aranha que altera o DNA da Terra-42, ele foi enviado para essa dimensão. Na Terra-42, Miles testemunha o caos causado pela ausência de um Homem-Aranha. Na Terra-42 o pai de Miles está morto e seu tio Aaron (Mahershala Ali) está vivo, mas Miles veste o traje do Gatuno.
Homem-Aranha: Através do Aranhaverso termina quando as duas variantes de Miles Morales se enfrentam. Gatuno está curioso sobre diferentes dimensões e parece não querer deixar o Homem-Aranha ir. Mas ele está pronto para lutar porque sabe que Spot está indo atrás de seu pai na Terra-1610. As apostas não poderiam ser maiores para Spider-Man: Beyond the Spider-Verse. Felizmente Miles, não terá que lutar sozinho. No final de Através do Aranhaverso Miguel expulsa Gwen da Spider Society e a manda de volta para casa. Em sua dimensão, Gwen percebe que Miguel pode estar errado e decide ir atrás de Miles e protegê-lo da Spider Society. Isso é possível porque Gwen foi presenteada com uma pulseira que permite viajar pelo multiverso por Spider-Punk (Daniel Kaluuya).
Gwen não demora a perceber que Miles não está em sua dimensão original devido ao seu DNA de aranha. Então, Gwen decide montar uma equipe de diferentes variantes do Homem-Aranha para vasculhar o Multiverso, encontrar Miles e ajudá-lo a salvar seu pai. Esta equipe inclui todas as variantes de Homem-Aranha no Aranhaverso, como Peter B. Parker (Jake Johnson), Spider-Man Noir (Nicolas Cage), Peni Parker (Kimiko Glenn) e Spider-Ham (John Mulaney). Gwen também encontra aliados em Pavitr Prabhakar (Karan Soni), Spider-Punk e Spyder-Byte (Amandla Stenberg). O final de Homem-Aranha: Através do Aranhaverso provoca que uma Guerra-Aranha está chegando, e a equipe de Gwen está pronta para ajudar Miles Morales nessa luta.