Uma das coisas mais controversas de Indiana Jones e o Reino da Caveira de Cristal envolve o personagem de Mutt Williams, o jovem engraxador que, acabou sendo revelado como filho de Indiana Jones. Mutt Williams foi interpretado por Shia LaBoeuf, e não foi anunciado como parte do elenco da sequência, Indiana Jones e o Chamado do Destino. É justo dizer que o personagem não foi bem recebido pelos fãs, e isso incluiu o próprio LaBoeuf. No entanto, o diretor James Mangold revelou em entrevista à Entertainment Weekly que o público "descobriria o que aconteceu" com Mutt no novo filme, que se passa em 1969. O diretor também brincou com o significado do título.
"Não posso, porque não quero entregar o filme, mas há uma relíquia neste filme que possui algum tipo de poder, ou pode possuir um tipo de poder? E é baseado na história e na especulação científica? Sim". A revelação de que a relíquia é baseada na história e na especulação científica faz sentido para esta franquia. Os filmes anteriores mostraram Indy procurando por itens como a Arca da Aliança e o Santo Graal - itens que tiveram histórias e mitos contados sobre eles por gerações que devem ter algum tipo de substância histórica. Isso mostra que Mangold está bem ciente do que torna Indiana Jones especial, e o próprio homem não tem ilusões quanto ao que ele precisa.