House of the Dragon está atualmente se aproximando de uma grande guerra civil que dividirá o reino em dois. Baseado no livro Fogo e Sangue de George R. R. Martin, os dois lados da Casa Targaryen que estão em conflito pelo Trono de Ferro são chamados de pretos e verdes. A princesa Rhaenyra Targaryen (Milly Alcock e Emma D'Arcy) foi nomeada por seu pai, o Rei Viserys I (Paddy Considine) como herdeira do Trono de Ferro. Embora uma mulher nunca tivesse governado antes, o rei não tinha outros filhos vivos e um irmão impopular e volátil, então tinha pouca escolha. Isso foi até alguns anos depois, quando sua nova esposa, a rainha Alicent Hightower (Emily Carey e Olivia Cooke) deu à luz um filho, o príncipe Aegon Targaryen (Tyler Moffett). Muitos dos homens de Westeros esperavam que no dia do segundo nome de Aegon o Rei substituísse Rhaenyra como herdeira com seu filho primogênito Aegon. Ele não o fez e, em vez disso, continuou a apoiar a sucessão de sua filha Rhaenyra pelos anos restantes de seu reinado. Após sua morte, há dois lados que lutarão pelo trono, aqueles que apoiam Rhaenyra e aqueles que apoiam Aegon, que são chamados de verdes e pretos. A cena icônica do quinto episódio, em que a rainha Alicent usa um vestido verde para o casamento da princesa Rhaenyra, nos mostra onde os verdes e os pretos receberam seus nomes. No livro, isso acontece na comemoração de cinco anos de casamento do rei Viserys e da rainha Alicent. A princesa Rhaenyra está usando um vestido vermelho e preto para simbolizar a Casa Targaryen, e assim seu lado da guerra fica conhecido como os pretos.
Seu lado da guerra a partir de então é referido como os Verdes. No lado preto lutando pelos direitos de Rhaenyra Targaryen e seu herdeiro Príncipe Jacaerys Velaryon (Leo Hart) estarão os homens do reino que valorizam sua honra e se recusam a voltar atrás em seus juramentos de honrar e defender seus direitos de sucessão. Rhaenyra atualmente tem 3 filhos, seu herdeiro Jacaerys 'Jace' Velaryon, Lucerys 'Luke' Velaryon (Harvey Sadler) e Joffrey Velaryon, todos filhos de Sor Harwin Strong (Ryan Corr) antes de sua morte prematura. Além disso, do lado dela estão Daemon Targaryen (Matt Smith), seu tio e marido, e suas filhas com Laena Velaryon; Baela (Shani Smethurst) e Rhaena (Eva Ossei-Gerning). Os Velaryons são leais a Rhaenyra mesmo após a morte de Lady Laena e a suposta morte de Sor Laenor (John MacMillan). Lord Corlys (Steve Toussaint) escolhe ficar do lado de Rhaenyra e seus filhos, embora saiba que eles não compartilham seu sangue porque compartilham seu nome. Ele ainda está tentando manter o legado da casa de sua família e, sem filhos legítimos para continuar seu nome, sente que deve usar seus netos. Com Daemon firmemente do lado de Rhaenyra, isso torna a escolha mais simples, pois os pretos também são o lado que defenderá suas netas. A Casa Velaryon traz todo o poder de seus navios e riqueza para Rhaenyra, tornando-a quase impossível de derrotar na água. Rhaenys Targaryen (Eve Best) e Lord Corlys Velaryon são figuras altamente influentes no reino e ter seu apoio, capacidade de planejamento estratégico, dinheiro, navios e dragões é vital para a campanha de Rhaenyra.
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Embora aliada de Daemon, não de Rhaenyra, Mysaria, também conhecida como Verme Branco (Sonoya Mizuno), estará do lado dos pretos. Isso é essencial porque dá olhos e ouvidos aos pretos em Porto Real e na Fortaleza Vermelha, enquanto eles estão em Pedra do Dragão. Com as forças combinadas de Rhaenyra, Deamon e as famílias Velaryon, eles serão difíceis de derrotar. Os pretos possuem um número muito superior de montadores de dragões, entre eles: Rhaenyra Targaryen em Syrax, Jace Velaryon em Vermax, Daemon Targaryen em Caraxes, Baela Targaryen em Moondancer e a Rainha que nunca foi Rhaenys Velaryon em Meleys. Eles também residirão em Pedra do Dragão, que é conhecida por ter muitos dragões selvagens e sem cavaleiros (incluindo Seasmoke de Sor Laenor) vagando livremente que eles podem usar se puderem encontrar algumas almas corajosas dispostas a domá-los. No lado verde e lutando pelos direitos do rei Aegon Targaryen, e seus futuros herdeiros serão as casas do reino que prefeririam quebrar seus votos do que apoiar uma mulher. A apoiadora mais fervorosa de Aegon é sua mãe, a rainha Alicent, e, embora menos solidária, sua irmã, a princesa Helaena Targaryen (Evie Allen), e seu irmão, o príncipe Aemond Targaryen (Leo Ashton), estão do seu lado, no entanto. Os verdes têm o apoio dos membros mais poderosos do pequeno conselho do Rei Viserys. A Mão do Rei Sor Otto Hightower (Rhys Ifans) traz toda a Casa Hightower com ele, junto com o Comandante da Guarda Real Sor Criston Cole (Fabian Frankel).
Larys Strong (Mathew Needham), o novo Lorde de Harrenhal está claramente do lado dos verdes, e sua discrição e vontade de fazer o que for necessário para ser valiosa na guerra que está por vir. Larys é um gênio manipulador que está planejando muitos passos à frente, e sua lealdade aos verdes ainda pode estar condicionada à sua capacidade de dar a ele o que ele quer. A fim de solidificar sua reivindicação ao trono, e na verdadeira tradição Targaryen, o príncipe Aegon está noivo de sua irmã Helaena, para que com o tempo eles possam produzir mais herdeiros Targaryen. Rhaenyra já tem muitos filhos, e Aegon precisará produzir alguns deles rapidamente se quiser convencer os indecisos de Westeros a se juntarem a ele. Embora aparentemente superados, os verdes têm uma vantagem quando se trata de proximidade. Seu governante escolhido Aegon, sua mãe, a Rainha Alicent, A Mão do Rei e Lorde Comandante Cole, todos residem dentro da fortaleza vermelha com o atual Rei Viserys. Após sua morte, eles estarão no melhor lugar para agir rápida e silenciosamente para garantir a posição de Aegon. Os verdes podem ter menos dragões, mas com o irmão mais novo de Aegon, Aemond, se unindo ao dragão Vhagar, eles não são muito superados. Vhagar é de longe o maior e mais forte dos dragões restantes, duas vezes o tamanho do dragão Caraxes de Rhaenyra. Aegon Targaryen monta seu dragão Sunfyre, e sua irmã Helaena está ligada a Dreamfyre, embora ela não monte frequentemente.